Aktualne projekty badawcze:

 

1. Zastosowanie metody porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (aCGH) do identyfikacji submikroskopowych aberracji chromosomowych i genów letalnych w materiale z poronień samoistnych - nabór pacjentek trwa do 30.06.2019
Kierownik projektu: mgr Katarzyna Sobecka, kontakt: katarzyna.sobecka@imid.med.pl, telefon: 22 32 77 191. Niepowodzenia ciąży stają się coraz częstszym zjawiskiem dotykającym wszystkie grupy etniczne i często są wynikiem wielu połączonych ze sobą procesów. Poronienie samoistne jest dużym przeżyciem dla rodziny oczekującej dziecka. Pojawiają się pytania, jaka była przyczyna poronienia, czy można było uratować życie rozwijającego się dziecka i czy istnieje zwiększone ryzyko utraty kolejnej ciąży. Niepowodzenia ciąży stanowią również poważny problem diagnostyczny i leczniczy dla kobiety, która doświadczyła utraty ciąży. Dokładne oszacowanie skali problemu niepowodzeń ciąży stwarza duży problem, ponieważ statystyki dotyczące niepowodzeń ciąży pochodzą głównie z jednostek służby zdrowia a nie uwzględniają poronień, do których dochodzi poza szpitalem np. w domu pacjentki (PTG, 2008). Szacuje się, że 8-20% ciąż kończy się niepowodzeniem (Bug i wsp., 2014), natomiast u 1-2% kobiet dochodzi do poronień nawracających, czyli przynajmniej trzech kolejno po sobie występujących poronień, do których dochodzi przed 20 tygodniem (Exalto i wsp., 2007). Niepowodzenia ciąży dzieli się na poronienia samoistne i martwe porody. Według kryteriów WHO poronieniem nazywamy utratę płodu o masie 500 g lub niższej (do 20 tygodnia ciąży). Strata ciąży powyżej 20 tygodnia określana jest jako poród martwy. Wyróżnia się wiele przyczyn niepowodzenia ciąży m.in. czynniki środowiskowe, wady anatomiczne macicy, zaburzenia endokrynologiczne, metaboliczne ale najważniejszą jest obecność aberracji chromosomowych u zarodka/płodu. Mikromacierz DNA to szklana płytka przypominająca szkiełko mikroskopowe z naniesionymi fragmentami DNA obejmującymi najważniejsze regiony genomu człowieka. Fragmenty DNA są sondami molekularnymi, rozpoznającymi zmiany w materiale genetycznym osoby badanej. Analiza porównawcza DNA pacjenta do DNA osoby zdrowej umożliwia identyfikację zmian liczby kopii fragmentów DNA, delecji lub duplikacji w genomie pacjenta. Wynik jest przedstawiony za pomocą raportu zawierającego regiony chromosomowe lub geny, których u pacjenta jest za dużo lub za mało. Mikromacierze (aCGH) w porównaniu do dotychczas stosowanych metod takich jak klasyczne badania kariotypu umożliwiają analizę w jednym eksperymencie całego materiału genetycznego przy rozdzielczości nieosiągalnej w innych metodach diagnostycznych. Rozdzielczość tej metody zależy od rodzaju użytej macierzy. Metoda ta nie wykrywa zrównoważonych translokacji i inwersji chromosomowych oraz mozaikowości niewielkiego stopnia. Wszystkie prawidłowe wyniki otrzymane metodą aCGH zostaną zweryfikowane metodą Rapid-FISH w celu wykluczenia obecności zwielokrotnionej liczby wszystkich chromosomów. Głównym celem wnioskowanego projektu będzie określenie roli submikroskopowych rearanżacji chromosomowych, wykrywalnych metodą aCGH, w etiopatogenezie nawracających poronień samoistnych. Badaniami objętych zostanie 60 pacjentek, u których doszło do nawracającej utraty ciąży (min 3 poronienia) między 8 a 20 tygodniem oraz zauważono nieprawidłowości w badaniu USG (jeśli było wykonane). Nabór pacjentek trwa do 30.06.2019 r. Dokumenty do pobrania: informacja dla pacjentek, skierowanie, deklaracja świadomej zgody na badanie
2. Próba identyfikacji genów odpowiedzialnych za rozwój mózgu w badaniach genomowych pacjentów z małogłowiem - nabór pacjentów trwa do 31.03.2019
Kierownik projektu: dr hab. prof IMiD Wojciech Wiszniewski kontakt: dr Paweł Gawliński pawel.gawlinski@imid.med.pl, telefon: 22 32 77 299. Małogłowie jest objawem klinicznym, w którym obwód głowy (OFC, ang. occipital frontal circumference) chorego jest poniżej normy przyjętej dla wieku i płci. Szacuje się, że małogłowie występuje z częstością około 0.1% w populacji ogólnej. Nieprawidłowa wielkość głowy jest często odzwierciedleniem wyhamowanego wzrostu mózgu lub jego nieprawidłowego rozwoju. Małogłowie może być obecne przy urodzeniu lub rozwinąć się stopniowo w czasie pierwszych lat życia. W wielu przypadkach podłoże małogłowia jest uwarunkowane genetycznie. Nieprawidłowość ta może występować jako objaw izolowany lub współtowarzyszyć innym wadom rozwojowym np. wadom strukturalnym mózgu, cechom dysmorfii czy zaburzeniom ze strony innych układów. Liczba znanych genów związanych z wystąpieniem małogłowia stale rośnie, w dużym stopniu dzięki wdrożeniu do badań klinicznych sekwencjonowania następnej generacji, które umożliwia kompleksowe badanie genomów i eksomów chorych. Jednak mimo ogromnego postępu w badaniach nad podłożem genetycznym wad wrodzonych centralnego układu nerwowego, lista niewyjaśnionych przypadków wad mózgu pozostaje długa. W ramach projektu badamy eksomy (WES, ang. whole-exome sequencing) chorych z małogłowiem przy użyciu techniki sekwencjonowania następnej generacji. Podejście to umożliwi kompleksową ocenę zmian genomowych probanta, zarówno tych o charakterze zmian liczby kopii (CNV, ang. copy number variation) jak i zmian pojedynczych nukleotydów (SNV, ang. single nucleotide variation). Uzyskane dane zostaną użyte do identyfikacji nowych genów odpowiedzialnych za rozwój mózgu, których defekt prowadzi do małogłowia. Nasza hipoteza badawcza zakłada że: 1. Podłoże genetyczne przypadków małogłowia uwarunkowanych dziedzicznie może zostać wyjaśnione poprzez identyfikację genów w których mutacje odpowiedzialne są za ten fenotyp, 2. Kompleksowa analiza genomu chorych z małogłowiem umożliwi zidentyfikowanie nowych genów kontrolujących rozwój mózgu, 3. Wyjaśnienie patomechanizmów części mutacji może doprowadzić do opracowania nowych interwencji terapeutycznych. Nabór pacjentów trwa do 31.03.2019 r.
3. Różnicowanie molekularne dystonii genetycznie uwarunkowanych z zastosowaniem sekwencjonowania panelowego techniką NGS (sekwencjonowanie następnej generacji) - nabór pacjentów trwa do 30.11.2018
Kierownik projektu: dr Marta Jurek kontakt: marta.jurek@imid.med.pl, telefon: 22 32 77 299. Dystonie stanowią heterogenną grupę chorób neurologicznych charakteryzujących się występowaniem zaburzeń ruchowych, związanych z dysfunkcją jąder podstawy. Głównym objawem tej grupy chorób jest występowanie ruchów mimowolnych, prowadzących do skręcania i wyginania różnych części ciała, co może skutkować ułożeniem ciała w nienaturalnych pozycjach, problemami z wykonywaniem ruchów celowych czy poruszaniem się. W obrazie klinicznym dystonii oprócz ruchów mimowolnych możemy obserwować napadowe zaburzenia ruchowe, parkinsonizm, mioklonie oraz drżenie. Klasyfikacja różnych postaci dystonii opiera się na dwóch kryteriach diagnostycznych: etiologii choroby i klinicznej charakterystyce objawów uwzględniającej między innymi wiek pojawienia się pierwszych objawów i anatomiczny zakres ich występowania oraz dodatkowe objawy towarzyszące, jak mioklonie czy parkinsonizm. Do chwili obecnej zidentyfikowano już kilkadziesiąt monogenowych postaci dystonii o zróżnicowanym przebiegu klinicznym i różnym sposobie dziedziczenia, ale także podobnym przebiegu klinicznym, ale innym sposobie dziedziczenia i innym podłożu molekularnym. Geny identyfikowane jako przyczyna dystonii pozwalają na poznanie ich etiopatogenezy, która obejmuje dysfunkcje szlaku syntezy dopaminy, przewodnictwa synaptycznego, funkcjonowania cytoszkieletu, ale także detoksykacji czy metabolizmu energetycznego komórki. Założeniem projektu jest opracowanie „panelu dystonicznego” obejmującego szereg genów związanych z występowaniem dystonii i zespołów z dystonią i parkinsonizmem jako narzędzia do opracowania charakterystyki kliniczno-molekularnej niezdiagnozowanych przypadków dystonii, oraz wyłonienie grupy pacjentów do dalszych badań nad podłożem tej choroby w kontekście identyfikacji nowych genów i poszerzenia wiedzy dotyczącej patomechanizmów tej choroby. Nabór pacjentów trwa do 30.11.2018 r.
4. Znaczenie submikroskopowych niezrównoważeń genomu w etiologii padaczki - nabór pacjentów trwa do 30.11.2018
Kierownik: dr n. med. Magdalena Bartnik-Głaska Kontakt: magdalena.bartnik@imid.med.pl, telefon: 22 32 77 191. Padaczka powszechnie uznana jest za jedną z najczęstszych chorób ośrodkowego układu nerwowego i dotyczy około 1% populacji ogólnej. Może ujawnić się w każdym wieku, jednak większość przypadków diagnozowana jest już w wieku rozwojowym. Przyczyny występowania padaczki są bardzo zróżnicowane i obejmują zarówno czynniki środowiskowe, jak i genetyczne. Obecnie szacuje się, że nawet 70% przypadków padaczek uwarunkowana jest genetycznie. Mimo ogromnego postępu w diagnostyce choroby, poszukiwanie oraz wyjaśnienie jej przyczyn stanowi nadal ważny problem badawczy. W ponad połowie, bowiem przypadków klinicznych etiologia choroby pozostaje jeszcze nieznana. W ostatnim czasie w piśmiennictwie medycznym pojawiają się coraz liczniejsze doniesienia na temat zastosowania metod cytogenetyki molekularnej, w tym metody porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (ang. array comparative genomic hybridization, aCGH), do analizy genomu dużych grup pacjentów z rozpoznaniem różnego typu padaczek. Nieliczne badania z wykorzystaniem metody aCGH wykazały, że w etiologii padaczek, podobnie jak w innych zaburzeniach neurorozwojowych, istotną rolę odgrywają zmiany liczby kopii fragmentów DNA (ang. copy number variants, CNVs). Analiza genomu przeprowadzona w grupie dzieci, u których jednym z objawów klinicznych była padaczka lub napady padaczkowe klasyfikowane na podstawie Międzynarodowej Klasyfikacji Chorób (ICD-9) wykazała obecność patogennego niezrównoważenia genomu w 5% przypadków. W świetle obecnej wiedzy dotyczącej genetycznego, wielogenowego uwarunkowania padaczki oraz możliwości badawczych genomu z wykorzystaniem metody aCGH uzasadnione jest podjęcie dalszych badań nad jej etiopatogenezą. W przygotowywanym projekcie planowane jest zastosowanie tej metody w poszukiwaniu genetycznego podłoża padaczek. Wysokorozdzielcza analiza genomu pacjentów zostanie przeprowadzona z zastosowaniem mikromacierzy oligonukleotydowej zawierającej 180 000 sond (Oxford Gene Technology, CytoSure Epilepsy Research Array). Zaletą wybranej mikromacierzy jest zwiększona rozdzielczość badania (w porównaniu do rutynowo stosowanej w naszej pracowni mikromacierzy), a dodatkowo mikromacierz ta jest celowana na 212 wybranych genów, znanych lub mogących odgrywać istotną rolę w patogenezie padaczki. Wyniki badań uzyskane metodą aCGH nie tylko umożliwią poznanie nowych i lepszą charakterystykę molekularną już znanych CNVs związanych z występowaniem padaczki, ale także identyfikację genów odpowiedzialnych za powstawanie choroby. W niektórych przypadkach klinicznych pozwolą także na określenie zależności genotypowo- fenotypowej, a w rezultacie wyjaśnienie przyczyny choroby o nieustalonej wcześniej etiologii. Nabór pacjentów trwa do 30.11.2018 r. Dokumenty do pobrania:informacja dla rodziców/opiekunów, skierowanie, deklaracja świadomej zgody na badanie
5. Znaczenie zmian liczby kopii fragmentów DNA w etiologii zaburzeń ze spektrum autyzmu - nabór pacjentów trwa do 30.11.2018
Kierownik: dr n. med. Barbara Wiśniowiecka-Kowalnik, kontakt: barbara.wisniowiecka@imid.med.pl, telefon: 22 32 77 145. Badania dowodzą, że w etiologii zaburzeń ze spektrum autyzmu (ASDs) istotną rolę odgrywają czynniki genetyczne, a wśród nich submikroskopowe aberracje chromosomowe, nie wykrywane w standardowym badaniu kariotypu. Ze względu na wielogenowe uwarunkowanie ASDs, w badaniach etiopatogenezy tych zaburzeń powinny być stosowane metody analizy całego genomu (wszystkich chromosomów) o dużej rozdzielczości. Warunki te spełnia metoda aCGH. Mikromacierze całogenomowe umożliwiają zarówno skuteczną diagnostykę zaburzeń ze spektrum autyzmu jak również mają ogromny potencjał poznawczy. Umożliwiają identyfikację nowych genów oraz zmian liczby kopii fragmentów DNA (CNVs) odpowiedzialnych za powstawanie ASDs. Obecnie jedną z dostępnych na rynku platform jest mikromacierz dedykowana zaburzeniom ze spektrum autyzmu. Zawiera ona ~ 180 tysięcy sond pokrywających cały genom. Gęściej pokryte są geny znane lub mogące odgrywać istotną rolę w patogenezie ASDs. Podjęte przez nas badania metodą aCGH mają na celu wykrycie zarówno znanych jak i nowych, nie opisywanych dotychczas zmian w obrębie chromosomów, które mogą być odpowiedzialne za wystąpienie zaburzeń ze spektrum autyzmu. Badania te mają na celu próbę wyjaśnienia roli czynników genetycznych w patogenezie ASDs w zakwalifikowanej do badań grupie pacjentów oraz ustalenia związku pomiędzy zidentyfikowaną zmianą w genomie, a objawami choroby u poszczególnych osób. Mamy nadzieję, że wyniki tych badań umożliwią lepsze zrozumienie patologii związanej z szerokim spektrum zaburzeń autystycznych, a także przyczynią się do poprawy poradnictwa genetycznego w rodzinach dotkniętych tym problemem. Ponadto, staną się one podstawę do określenia ryzyka powtórzenia choroby u kolejnego potomstwa rodziców chorego, a także u jego najbliższych krewnych. Wszystkie rodziny zwiększonego ryzyka wystąpienia ASDs u potomstwa będą objęte poradnictwem genetycznym. Nabór pacjentów trwa do 30.11.2018 r. Dokumenty do pobrania:skierowanie, deklaracja świadomej zgody na badanie

 

Pełna lista projektów badawczych realizowanych w ZGM IMID:

L.p. Numer projektu Tytuł projektu i okres realizacji Nazwisko kierownika projektu
59 2016/23/N/NZ2/02364

Zastosowanie metody porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (aCGH) do identyfikacji submikroskopowych aberracji chromosomowych i genów letalnych w materiale z poronień samoistnych
(2017-2019)

mgr Katarzyna SOBECKA

58

Badania nad patogenezą zaburzeń poznawczych oraz neurofunkcjonalnych u pacjentów z zespołem Noonan. Rola defektów genów szlaku sygnałowego RAS/MAPK
(2016-2019)

lek. med. Natalia BEZNIAKOW

57

2015/19/B/NZ5/02224

Poszukiwanie nowych czynników genetycznych powiązanych z ryzykiem przewlekłego zapalenia trzustki za pomocą sekwencjonowania całoeksomowego
(2016-2019)

dr n. med. Agnieszka RYGIEL

56

2015/19/B/NZ2/01824

Próba identyfikacji genów odpowiedzialnych za rozwój mózgu w badaniach genomowych pacjentów z małogłowiem
(2016-2019)

dr hab. Wojciech WISZNIEWSKI

55

2015/17/B/NZ5/01357

Poszukiwanie genetycznych przyczyn zróżnicowania obrazu klinicznego u pacjentów z Zespołem Delecji 22q11
(2016-2018)

dr n. med. Beata NOWAKOWSKA

54

2014/15/D/NZ5/03426

Genetyczne czynniki ryzyka w populacji kaszubskiej oraz ich udział w patogenezie niepełnosprawności intelektualnej o dziedziczeniu autosomalnym recesywnym
(2015-2018)

dr n. med.
Agnieszka CHARZEWSKA

53

2015/17/B/NZ4/02669

Przyczyny zmienności fenotypowej zespołów padaczkowych uwarunkowanych mutacjami kanału jonowego sodowego Nav1.1
(2016-2018)

dr Dorota HOFFMAN-ZACHARSKA

52

2014/13/D/NZ5/03304

Zmiana globalnej ekspresji genów a profil keratyn i lipidów w rzadkich chorobach skóry z grupy rybiej łuski
(2015-2019)

dr n. med.
Katarzyna WERTHEIM-TYSAROWSKA

51

2014/13/N/NZ5/03671

Charakterystyka podłoża molekularnego niedosłuchu izolowanego w grupie polskich pacjentów – zastosowanie techniki sekwencjonowania następnej generacji do identyfikacji genów i mutacji odpowiedzialnych za dziedziczną postać choroby
(2015-2017)

mgr
Katarzyna NIEPOKÓJ

50

2013/09/B/NZ2/03164

Identyfikacja nowych genów związanych z patogenezą zespołu Noonan – analiza funkcjonalna zidentyfikowanych zmian w kontekście aktywności ścieżki RAS/MAPK (2014-2016)

dr Monika GOS

49

2012/06/M/N22/00101

Próba identyfikacji genów odpowiedzialnych za migrację neuronalną w rozwoju ośrodkowego układu nerwowego człowieka
(2012-2014)

dr hab. Wojciech WISZNIEWSKI

48

2012/07/B/NZ4/01764

Próby identyfikacji określenia zmian funkcjonalnych genów związanych z sprawnością intelektualną i poznawczą
(2013-2016)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

47

HOMING PLUS/2012-5/9
(projekt Fundacji na rzecz Nauki Polskiej)

Identification of novel genes causing DiGeorge Syndrome
(2012-2015)

dr n. med.
Beata NOWAKOWSKA

46

2011/01/D/NZ5/011347

Zmienność molekularna genów szlaku RAS-MAPK a ekspresja fenotypowa zespołu Noonan
(2011-2014)

dr n. med.
Jakub KLAPECKI

45

NN 401375839

Wpływ białek związanych z autofagią na neutralizację toksycznych fragmentów agregującej huntingtyny
(2010-2013)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

44

NN 407133739

Badanie etiopatogenezy niepełnosprawności intelektualnej. Mapowanie i identyfikacja genów zlokalizowanych na chromosomie X z zastosowaniem mikromacierzy CGH
(2010-2013)

dr Magdalena NAWARA
43

NN 407459438

Badanie etiopatogenezy wrodzonych wad rozwojowych z wykorzystaniem porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (aCGH)
(2010-2012)

dr n. med. Krzysztof SZCZAŁUBA

42

NN 401135439

Analiza antyagregacyjnych właściwości torsyny A na przykładzie białka tau, synukleiny α, huntingtyny oraz cynkowo-miedziowej dysmutazy ponadtlenkowej
(2010-2012)

dr hab. Michał MILEWSKI

41

NN 401130436

Podłoże molekularne choroby Pelizaeusa-Merzbachera i spastycznej paraplegii typu 2. Identyfikacja i analiza funkcjonalna mutacji w genie PLP1
(2009-2012)

dr Dorota HOFFMAN-ZACHARSKA

40

NN 401129936

Rola kanału sodowego w patologii chorób o fenotypie mukowiscydozy. Próba korelacji zmian molekularnych w genach SCNN1α, SCNN1β, i SCNN1Y z obrazem klinicznym choroby
(2009-2012)

dr n. med. Aleksandra NOREK

39

R 13 0005 04/2008

Wprowadzenie najnowszej technologii mikrochipowej (array CGH) do badań etiopatogenezy i diagnostyki klinicznej wybranych chorób o poważnych skutkach medycznych i społecznych
(2008-2011)

dr hab. Paweł STANKIEWICZ

38

NN 407171134

Badanie patologii molekularnej genu COL7A1 w kontekście występowania Epidermolysis Bullosa Hereditaria Dystrophica (EBHD). Próba korelacji genotypo-fenotyp w grupie polskich pacjentów z EBHD
(2008-2010)

dr n. med. Agnieszka SOBCZYŃSKA-TOMASZEWSKA

37

NN 401219634

Znaczenie domeny poliprolinowej huntingtyny dla oddziaływania z innymi białkami. Implikacje dla patogenezy choroby Huntingtona – promotorski D. Bąk (2008-2010)

prof. dr hab. Jerzy BAL

36

N 40700432/0072

Ocena zmienności ekspresji klinicznej zespołu Noonan w kontekście stwierdzanych mutacji genu PTPN11 – promotorski J. Klapecki
(2007-2009)

prof. dr hab. Tadeusz MAZURCZAK

35

N 401032320747

Zmiany w układzie kostno-stawowym a ryzyko wystąpienia osteoporozy u dzieci z mukowiscydozą. Genetyczne markery zmienności genotypowej
(2007-2009)

prof. dr hab. Jerzy BAL

34

N 40101731/0307

Ocena przydatności molekularnych metod analizy kariotypu (HR-CGH oraz CGH do mikromacierzy) w specyficznych przypadkach klinicznych, trudnych do diagnostyki metodami cytogenetyki konwencjonalnej – promotorski mgr B. Nowakowska
(2006-2008)

prof. dr hab. med.
Ewa BOCIAN

33

122/P05/2004/01/7

Badanie efektu pozycji jako mechanizmu regulacji ekspresji genu. Ocena wpływu remodelowania chromatyny na zmienność fenotypową dysplazji kampomelicznej
(2005-2008)

dr n. med.
Paweł STANKIEWICZ

32

122/P05/2004/01/1

Zastosowanie cytogenetyczno-molekularnej analizy genomu ze szczególnym uwzględnieniem regionów złamań zrównoważonych rearanżacji chromosomowych do badania etiopatogenezy chorób dziedzicznych
(2005-2008)

prof. dr hab. med.
Ewa BOCIAN
31

122/P05/2004/01

Etiopatogeneza chorób dziedzicznych człowieka. Badanie patologii molekularnej chorób chorób dziedzicznych z wykorzystaniem genomiki i proteomiki
(2005-2008)

prof. dr hab. med.
Tadeusz MAZURCZAK

30

122/P05/2004/01/9

Próba identyfikacji genów uczestniczących w kształtowaniu funkcji poznawczych. Badania genetyczne rodzin obciążonych niespecyficzna postacią niepełnosprawności intelektualnej sprzężona z chromosomem X
(2005-2008)

prof. dr hab. med.
Tadeusz MAZURCZAK

29

122/P05/2004/01/6

Struktura i funkcja białka CAL oraz jego udział w patogenezie mukowiscydozy i niepłodności męskiej
(2005-2008)

dr n. med. Agnieszka
SOBCZYŃSKA-TOMASZEWSKA

28

122/P05/2004/01/4

Badanie podłoża molekularnego zespołu Angelmana (AS). Oligogeniczno-epigenetyczna hipoteza (MEGD) patogenezy AS
(2005-2008)

dr Agnieszka SZPECHT-POTOCKA

27

122/P05/2004/01/11

Poszukiwanie modyfikatorów fenotypu klinicznego pierwotnej dystonii torsyjnej – identyfikacja białek związanych z agregacją torsyny A i jej akumulacją w otoczce jądrowej
(2005-2008)

dr n. med.
Michał MILEWSKI

26

122/P05/2004/01/8

Znaczenie ciągów poliprolinowych dla agregacji huntingtiny oraz patogenezy choroby Huntingtona
(2005-2008)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

25

2 PO5A 191 29

Próba wykorzystania cytogenetyczno-molekularnej analizy genomu do badań etiopatogenezy chorób dziedzicznych na modelu submikroskopowych rearanżacji chromosomowych
(2005-2008)

prof. dr hab. med.
Ewa BOCIAN

24

2 P05A 157 29

Białka opiekuńcze jako modulatory wewnątrzkomórowej agregacji białek w kontekście przyszłej terapii chorób konformacyjnych
(2005-2008)

dr n. med.
Michał MILEWSKI

23

2 P04A 060 28

Podłoże molekularne i charakterystyka kliniczna pierwotnej dystonii torsyjnej – próba korelacji genotyp – fenotyp [promotorski lek. Krzysztofa Szczałuby] (2005-2007)

prof dr hab. med.
Tadeusz MAZURCZAK

22

2 P05A 128 28

Analiza genetyczna i molekularna izolowanych postaci niepełnosprawnosci intelektualnej. Próba identyfikacji genów i mutacji odpowiedzialnych za postać choroby sprzężona z chromosomem X [grant promotorski mgr Magdy Nawary] (2005-2007)

prof dr hab. med.
Tadeusz MAZURCZAK

21

2 P05A 053 28

Badania nad podłożem molekularnym zespołu Noonan. Próba korelacji mutacji genu PTPN11 z ekspresja kliniczną choroby
(2005-2007)

dr med.
Ewa OBERSZTYN

20

2 P04A 06128

Ocena przydatności cytogenetycznej i molekularnej metod analizy genomu w diagnostyce zaburzeń fenotypowych stwierdzanych u osob z nieprawidlowym kariotypem [promotorski mgr K. Borg] (2005-2007)

dr hab.
Ewa BOCIAN

19

2 P05E 111 27

Poszukiwanie genetycznych modyfikatorów obrazu klinicznego mukowiscydozy. Próba korelacji mutacji i zmian polimorficznych w genach GSTM1, PTGS1 i PTGem choroby [promotorski – mgr K. Czerska] (2004-2007)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

18

3 PO5E 075 23

Poszukiwanie czynników genetycznych modyfikujących obraz kliniczny mukowiscydozy. Próba korelacji mutacji w genach AAT, MBL2 i INF-gamma z postacią płucną mukowiscydozy
(2002-2005)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

17

3 PO5E 082 24

Ostra białaczka limfoblastyczna (ALL) u dzieci. Badania molekularne markerów komórek nowotworowych i ocena ich przydatności w diagnostyce choroby i jej rokowaniu. [promotorski mgr M. Jurkowska] (2003-2004)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

16

3 PO5E 104 22

Identyfikacja defektu molekularnego w genie NF2. Analiza korelacji genotyp-fenotyp u chorych z neurowłókniakowatością typu 2
(2002-2004)

dr Agnieszka SZPECHT-POTOCKA

15

042/PO5/06

Poznanie struktury, funkcjonalnej i immunologicznej roli produktu genu w patomechanizmie choroby. Identyfikacja sekwencji aminokwasowych białka CFTR odpowiedzialnych za tworzenie agresomów. Implikacje dla patogenezy mukowiscydozy i chorób neurodegeneracyjnych człowieka
(2001-2004)

dr n. med.
Michał MILEWSKI

14

042/PO5/05

Badania nad molekularnym podłożem niespecyficznego upośledzenia rozwoju umysłowego. Identyfikacja mutacji w genach zlokalizowanych w chromosomie X oraz cytogenetyczno-molekularna analiza specyficznych regionów chromosomowych
(2001-2004)

prof. dr hab.
Tadeusz MAZURCZAK

13

042/PO5/2001

Medycyna molekularna. Zmiany genomu człowieka w patomechanizmie i ekspresji klinicznej chorób dziedzicznych – projekt zamawiany – pakiet 5 projektów
(2001-2004)

koordynator:
prof. dr hab.
Tadeusz MAZURCZAK

12

3 PO5E 053 24

Ocena udziału submikroskopowych aberracji telomerowych chromosomów w etiopatogenezie upośledzenia umysłowego o nieznanej etiologii [promotorski mgr Z. Helias-Rodzewicz] (2003-2004)

dr hab.
Ewa BOCIAN

11

4 PO5E 118 19

Charakterystyka mutacji w genie RFXANK w rodzinach obciążonych wrodzonym deficytem ekspresji kompleksu MHC II [promotorski – mgr Wojciech Wiszniewski] (2000-2002)

prof. dr hab.
Jerzy BAL

10

4 PO5E 065 19

Charakterystyka mutacji w genie CFTR w niepłodności męskiej [promotorski – mgr Agnieszka Sobczyńska-Tomaszewska] (2000-2002)

prof. dr hab.
Tadeusz MAZURCZAK

9

4 PO5E 022 17

Molekularna analiza defektów w genie CFTR w przypadkach niepłodności męskiej powodowanej obustronną niedrożnością przewodów nasiennych
(1999-2002)

prof. dr hab.
Tadeusz MAZURCZAK

8

4 PO5E 081 16

Identyfikacja i charakterystyka defektu molekularnego w genie GJB2 w rodzinach obciążonych głuchotą wrodzoną
(1999-2001)

dr hab.
Jerzy BAL

7

4 PO5E 037 16

Ocena udziału submikroskopowych aberracji regionów telomerowych chromosomów w etiopatogenezie niespecyficznego upośledzenia umysłowego (1999-2002)

dr hab.
Ewa BOCIAN

6

4 P05A 039 13

Identyfikacja mutacji w genie hydroksylazy fenyloalaninowej, powodujących łagodne postaci hiperfenyloalaninemi (1997-1999)

dr Cezary ŻEKANOWSKI

5

4 P05E 066 10

Mukowiscydoza. Identyfikacja nowych mutacji w genie CFTR
(1996-1998)

dr hab. Jerzy BAL

4

6641 591 02

Badania cytogenetyczne i molekularne w zespole FRAX
(1995-1997)

dr hab.
Ewa BOCIAN

3

4 S405 004 07

Zastosowanie badań molekularnych w diagnostyce chorób uwarunkowanych rodzicielskiem piętnem genomowych („genomic imprinting”) na przykładzie Zespołu Pradera-Willego
(1994-1996)

prof. dr hab. med. Tadeusz MAZURCZAK

2

4 S405 028 05

Identyfikacja mutacji i zmian polimirficznych w genie hydroksylazy fenyloalaninowej w rodzinach obciążonych fenyloketonurią
(1993-1996)

dr Dorota MACIEJKO

1

4 S405 013 04

Mukowiscydoza. Identyfikacja mutacji i zmian polimorficznych w genie CFTR
(1993-1995)

dr hab. Jerzy BAL

Projekty realizowane w ZGM we współpracy z innymi ośrodkami:
28

2015/17/B/NZ5/01368

Zespół dziecka wiotkiego – poszukiwanie nowych czynników genetycznych związanych z etiopatogenezą choroby, ze szczególnym uwzględnieniem chorób nerwowo-mięśniowych

dr n. med. Maria JĘDRZEJOWSKA
(współpraca dr M. GOS)

27

POLFARMA

Profilowanie ekspresji mikroRNA jako potencjalnych markerów wrażliwości/oporności komórek niedrobnokomórkowego raka płuca in vitro na odwracalne i nieodwracalne inhibitory kinazy tyrozynowej EGFR z zastosowaniem sekwencjonowania następnej generacji
(2015-2017)

dr Adam SZPECHCIŃSKI (współpraca dr M. GOS)

26

2011/03/B/NZ5/4513

Molekularna klasyfikacja czerniaków skóry w III stopniu zaawansowania choroby – korelacja zmian genetycznych wybranych ścieżek sygnałowych i loci chromosomowych (na podstawie aCGH) z czynnikami kliniczno-patologicznymi i wynikami leczenia
(2012-2015)

dr hab. Piotr Ł. RUTKOWSKI (współpraca: dr B. NOWAKOWSKA, mgr K. SOBECKA)

25

NN 401182839

Badanie kinetyki i bilansu transportu jonów przez warstwę spolaryzowanych komórek nabłonkowych 
(2010-2013)

prof. dr hab. Krzysztof DOŁOWY, (współpraca: dr M. MILEWSKI)

24

NN 407054439

Podłoże molekularne padaczek i zespołów padaczkowych zależnych od mutacji w genie SCN1A. Próba korelacji defektu molekularnego z obrazem klinicznym choroby
(2010-2013)

doc. dr hab. Elżbieta SZCZEPANIK
(współpraca: dr D. HOFFMAN-ZACHARSKA)

23

NN 401011038

Badanie podłoża molekularnego rdzeniowego zaniku mięśni w grupie pacjentów bez homozygotycznej utraty genu SMN1. Poszukiwanie mutacji punktowych w genie SMN1 i IGHMBP2
(2009-2012)

dr n. med. Maria JĘDRZEJOWSKA (współpraca:
dr A. SZPECHT-POTOCKA)

22

NN 303456838

Identyfikacja sygnałów importu i eksportu do/z jądra kohezyn SA1 i A2 człowieka w warunkach ekspresji heterologicznej w Saccharomyces cerevisiae i w hodowlach komórek ludzkich
(2009-2012)

doc. dr hab. Anna KURLANDZKA
(współpraca: dr M. MILEWSKI)

21

NN 402233137

Analiza patologii epidermolysis bullosa dystrophica z zastosowaniem systemu internetowej integracji danych epidemiologicznych, klinicznych i molekularnych (2009-2011)

prof. dr hab. Cezary KOWALEWSKI (współpraca: mgr K. WERTHEIM-TYSAROWSKA)

20

NN 402279536

Choroba Parkinsona – identyfikacja, charakterystyka i analiza genotyp/fenotyp defektów molekularnych w genach SNCA, PARK 2, UCHL1, DJ-1, LRRK2 w populacji polskiej
(2009-2011)

dr n. med. Dariusz KOZIOROWSKI (współpraca dr D. Hoffman-Zacharska)

19

NN 401097536

Analiza sekwencji DNA i struktury RNA regionu powtórzeń mikrosatelitarnych CTA/CTG w genie ATXN8OS i próba wyjaśnienia zjawiska niepełnej penetracji mutacji dynamicznej powodującej ataksję rdzeniowo-móżdżkową typu 8 (SCA8)
(2009-2011)

dr n. med. A. SUŁEK-PIĄTKOWSKA (współpraca: dr D. HOFFMAN-ZACHARSKA)
18

NN 40105631/1471

Badanie kinetyki i transportu jonów przez warstwę spolaryzowanych komórek nabłonkowych posiadających aktywny kanał CFTR oraz kanał CFTR o zablokowanej ekspresji
(2006-2009)

prof. dr hab. Krzysztof DOŁOWY
(dr n. med. M. MILEWSKI)

17

124/P05/2004/

Charakterystyka mutacji genu PARK2 u osób z chorobą Parkinsona o wczesnym początku – częstość występowania i rodzaj. Próba korelacji defektu molekularnego z obrazem klinicznym choroby
(2005-2008)

prof dr hab. med. Andrzej FRIEDMAN
(prof. dr hab. J. BAL
mgr M. NAWARA
mgr D. SIELSKA)

16

2 PO5D 016 29

Badanie markerów genetycznych zaburzenia gospodarki wapniowo-fosforanowej i występowania osteopenii lub osteoporozy u chorych na sarkoidozę
(2005-2007)

dr n. med. E. PUŚCIŃSKA
(wykonawca: dr n. med. A. SOBCZYŃSKA-TOMASZEWSKA)

15

2 PO5E 117 29

Badania molekularne oligogenowej predyspozycji rozwoju zespołu wielotorbielowatych jajników (PCOS)
(2005-2007)

dr n. med. Paweł KUBIK
(wykonawca: dr n. med. A. SOBCZYŃSKA-TOMASZEWSKA)

14

2 P05E 00 27

Próba wyjaśnienia zmienności wewnątrzrodzinnej oraz ocena stanu heterozygotyczności w rodzinnym zaniku mięśni
(2004-2006)

dr n. med. Maria JĘDRZEJOWSKA
(wykonawca: dr n med.M. MILEWSKI,
konsultant: prof. dr hab. J. BAL)

13

POLFARMA

Ocena korelacji miedzy liczba kopii genu SMN2, ekspresją genu (na poziomie RNA i białka), a fenotypem klinicznym chorych na rdzeniowy zanik mięśni (SMA)
(2004-2007)

prof. dr hab. med. Irena HAUSAMANOWA-PIETRUSEWICZ
(wykonawca: dr M. MILEWSKI)

12

3 PO5E 039 25

Charakterystyka kliniczna i molekularna zespołów padaczkowych związanych z predyspozycją genetyczną
(2003-2006)

prof. dr hab. Jagna CZOCHAŃSKA
(konsultant: prof. dr hab. J. BAL)

11

091/P05/14

Poziom choroby resztkowej, obecność genów fuzyjnych i aberracje centrosomów jako czynniki prognostyczne w wybranych nowotworach układu krwiotwórczego
(2003-2006)

prof. dr hab. Janusz SIEDLECKI
(główny wykonawca:
mgr M. JURKOWSKA)

10

090/P05/06

Poszukiwanie polimorfizmów genetycznych wybranych enzymów I i II fazy, wpływających na skuteczność leczenia i toksyczność protokołu BFM w ostrych białaczkach limfoblastycznych u dzieci
(2003-2006)

dr n. med. Iwona MALINOWSKA
(główny wykonawca: mgr M. JURKOWSKA)

9

3 PO5A 069 23

Kanały chlorkowe w patogenezie i terapii mukowiscydozy. Badania nad mechanizmem funkcjonowania białek CFTR, ORCC, CLC2 i GEF1
(2002-2004)

prof. dr hab. Krzysztof DOŁOWY
(główny wykonawca:
dr n. med. M. MILEWSKI)

8

3 PO5E 132 23

Próba określenia podłoża molekularnego oraz relacji fenotyp-genotyp w przewlekłym zapaleniu trzustki. Identyfikacja mutacji w genach TRY1, SPINK1 i CFTR
(2002-2004)

dr n. med. Beata ORALEWSKA
(główny wykonawca:
mgr A. SOBCZYŃSKA-TOMASZEWSKA)

7

4 PO5E 036 19

Badanie korelacji pomiędzy genotypem a przebiegiem klinicznym u chorych z przewlekłą chorobą ziarniniakową w populacji polskiej
(2000-2002)

prof. dr hab. Ewa BERNATOWSKA
(główny wykonawca:
mgr M. JURKOWSKA)

6

4 PO5E 051 19

Molekularna charakterystyka komórek nowotworowych w chorobach rozrostowych układu krwiotwórczego u dzieci
(2000-2002)

dr med. Iwona MALINOWSKA
(główny wykonawca:
mgr M. JURKOWSKA)

5

4 PO5E 094 18

Mutacja MTHFR, poziom kwasu foliowego w surowicy krwi i erytrocytach a częstość występowania wad wrodzonych cewy nerwowej
(2000 – 2002)

prof. dr hab. Zbigniew BRZEZIŃSKI
(główny wykonawca:
dr A. SZPECHT-POTOCKA)

4

4 P05E 07 516

Diagnostyka choroby Friedreicha z wykorzystaniem metod analizy DNA. Próba oceny zależności genotypowo-fenotypowej [promotorski – dr T. J. Mazurczak] (1999-2001)

prof. dr hab. Jagna CZOCHAŃSKA
(konsultant: prof. dr hab. J. BAL)

3

4 PO5E 111 14

Diagnostyka molekularna galaktozemii – identyfikacja mutacji w genie GALT oraz ocena zależności pomiędzy geotypem a przebiegiem klinicznym choroby i rezultatem leczenia
(1997-2000)

dr Barbara RADOMYSKA
(główny wykonawca:
mgr C. ŻEKANOWSKI)

2

4 PO5E 001
95C/3630

Wczesne rozpoznawanie i leczenie mukowiscydozy
(1998-2000)

prof. dr hab. Janusz SZYMBORSKI
(współpraca:
prof. dr hab. T. MAZURCZAK)

1

4 PO5E 001 12

Badania genetyczne i kliniczne dziecięcego i młodzieńczego rdzeniowego zaniku mięśni: zależność między fenotypem a genotypem
(1997-2000)

prof. dr hab.
Irena HAUSMANOWA-PETRUSEWICZ
(główny wykonawca:
prof. dr hab. T. MAZURCZAK, dr hab. J. BAL)

Projekty europejskie:
4 Projekt regionalny 1.1 Mazowieckie Centrum Badawczo-Rozwojowe Diagnostyki Matki i Dziecka (2018-2021) T. Maciejewski (ZGM – współwykonawca)
3 Projekt realizowany ze środków Centrum Projektów Europejskich Choroby genetycznie uwarunkowane – edukacja i diagnostyka (EDUGEN) T. Maciejewski (ZGM – współwykonawca)
2 EuroEpinomics Functional genomics variation in the epilepsies,
Europejska Fundacja Nauki (ESF) – EUROCORESS Programme 2011-2013
prof. dr P. DE JONGHE
(kierownik polskiej części projektu: dr D. HOFFMAN-ZACHARSKA)
1 PR5 CRMGEN
G6RD-CT-2001-00581
Certified Reference Materials for Molecular Genetic Testing kierownik: prof. D. BARTON
(współpraca: prof. dr hab. J. BAL)